O canal anal apresenta de 6 a 14 glândulas entre seus músculos que drenam para orifícios correspondentes dentro do canal anal. Quando o escoamento dessas glândulas é obstruído (fezes, inflamação ou trauma), inicia-se um acúmulo de secreção que forma o abscesso (coleção líquida de pus). Esse pus procura vias de saída nas proximidades, podendo formar grandes cavidades. Neste momento, o paciente já apresenta forte dor na região anal, inchaço e possivelmente febre.
Se a cavidade de pus não perfurar espontaneamente, é necessária a drenagem (furando para retirar o pus) pelo cirurgião. Essa drenagem é muito importante para evitar uma infecção mais grave que possa, inclusive, trazer perigo de vida ao paciente.
Esta drenagem resolve o problema do abscesso sem ser necessário o uso de antibióticos na maioria das vezes. O orifício de drenagem, em 50% das vezes, não cicatriza, formando um trajeto da pele ao redor do ânus até o canal anal.
A esse trajeto chamamos de fístula anal, sendo que esta fístula necessitará tratamento cirúrgico no futuro, neste momento, então, sem urgência. Seus sintomas são de secreção purulenta e sanguínea persistente e intermitente.